Nuestra Unidad desarrolla investigación en ecosistemas acuáticos continentales y estuarinos, orientada al estudio de los efectos de las actividades humanas sobre los componentes bióticos y abióticos y sus interacciones.
Estas investigaciones nos permiten conocer respuestas desde el ámbito molecular hasta el ecosistémico, teniendo como referentes espaciales la cuenca hidrográfica y la zona costera de influencias de sistemas fluviales.
En este laboratorio se realizan análisis granulométricos de muestras de sedimento o suelo y determinación del contenido de materia orgánica en sedimentos lacustres. Paralelamente se desarrollan actividades de investigación en limnología, paleolimnología y cambio climático. A través de estos análisis se busca evidencia de cambios ambientales tanto antrópicos como naturales.
En este laboratorio se estudia las respuestas bioquímicas de organismos a estresores químicos en el ambiente acuático.
Este laboratorio realiza investigación y docencia en biodiversidad, conservación, tramas tróficas, ciclos biogeoquímicos y aproximaciones ecosistémicas en medios acuáticos continentales , fiordos estuarios y costeros. Dando un fuerte énfasis al efecto de las actividades antrópicas sobre los sistemas naturales.
Laboratorio que analiza diversos indicadores ambientales para la evaluación de los impactos generados por el hombre sobre la flora y fauna acuática, de ambientes dulceacuícolas, estuarinos y marinos, con el objeto de proponer medidas de conservación. Se focaliza principalmente en impactos asociados a la generación hidroeléctrica, derrames de petróleo, contaminación difusa y residuos líquidos de diverso tipo.
En este laboratorio se realiza investigación sobre ecología y conservación de comunidades de macroinvertebrados bentónicos y su uso como indicadores biológicos de calidad de agua de ríos.
En este laboratorio se realizan estudios sobre ecología y conservación de peces dulceacuícolas, en particular se estudia la relación entre este tipo de organismos y diversas intervenciones humanas en ríos y lagos de Chile.
Doctor en Ciencias Ambientales 
Doctor en Recursos Naturales 
Doctor en Ciencias Ambientales 
Doctor en Ciencias Ambientales 
Doctor en Ciencias Ambientales mención Zoología 
Doctora en Ciencias Ambientales 
Doctor en Ciencias mención Zoología 
Doctor en Oceanografía 
Magister en Gestión Integrada 
Los proyectos de investigación son un factor fundamental de la productividad científica de la unidad y por consiguiente del Centro. Sus resultados sirven de base para la elaboración de diversas publicaciones, transferencias tecnológicas, docentes y de extensión.
Son variadas las fuentes de financiamiento de los proyectos de investigación desarrollados por la unidad, entre las cuales destacan:
Proyectos de investigación de la Unidad 
La Unidad desarrolla investigación en ecosistemas acuáticos continentales y marinos, orientada a los efectos de las actividades humanas sobre los componentes bióticos y abióticos y sus interacciones. Esta Unidad está integrada por Biólogos, Biólogos Marinos, Bioquímicos y Químicos. Además, recibe el apoyo directo e interactúa con Ingenieros Hidráulicos, Ingenieros Químicos, Geógrafos, Geólogos e Hidrogeólogos.
El objetivo principal es obtener una visión amplia e integradora de la estructura y funcionamiento de los sistemas acuáticos continentales y marinos, otorgando especial atención a las diversas influencias e impactos de actividades humanas (asentamientos humanos, industriales y de infraestructura) sobre estos sistemas.
Publicaciones generadas por la unidad